基因突变的原因是：A.染色体数目发生变化B.控制不同性状的基因重新组合C.染色体结构发生变化D.DNA分子结构发生变化

D
解析分析：此题考查的知识点是染色体、DNA、基因的关系．基因位于DNA上，DNA位于染色体上．

解答：基因突变是指基因组DNA分子发生的突然的、可遗传的变异现象．从分子水平上看，基因突变是指基因在结构上发生碱基对组成或排列顺序的改变．基因虽然十分稳定，能在细胞分裂时精确地复制自己，但这种稳定性是相对的．在一定的条件下基因也可以从原来的存在形式突然改变成另一种新的存在形式，就是在一个位点上，突然出现了一个新基因，代替了原有基因，这个基因叫做突变基因．于是后代的表现中也就突然地出现祖先从未有的新性状．又知染色体是指细胞核容易被碱性染料染成深色的物质，结构由DNA和蛋白质两种物质组成，遗传信息在DNA上，DNA是主要的遗传物质．一条染色体上包含一个DNA分子．一个DNA分子上包含有多个基因，基因是染色体上具有控制生物性状的DNA片段．因此生物的遗传是通过基因传递信息来完成的．基因是遗传的物质基础，通过生殖细胞传给后代，从而使父母的性状特点在子代得以表达．体细胞内的基因突变无法传递给后代也就谈不上遗传，也就是不能遗传．因此，基因突变的原因是DNA分子结构发生变化．
故选：D．

点评：解此题的关键是理解基因是染色体上具有控制生物性状的DNA片段．